O WWF exerce as suas actividades em Moçambique de acordo com as regras das organizações internacionais, estando registado junto do Ministério dos Negócios Estrangeiros e Cooperação. Tem ainda um Memorando de Entendimento celebrado com o Ministério do Turismo, Ministério das Pescas, entre outras entidades do Governo, da Sociedade Civil e outros actores sociais.
O Programa do WWF em Moçambique apoia várias iniciativas no âmbito da conservação do ambiente marinho, florestas, água, educação ambiental e formação, jornalismo ambiental, envolvimento comunitário e espécies em perigo de extinção. Este grupo de espécies inclui o elefante africano (Loxodonta africana), as tartarugas marinhas (green, hawksbill, olive ridley, loggerhead, leatherback), o dugongo (Dugong dugon), tubarão baleia (Rhincododn typus), baleias (humpback e mink), golfinhos (humpback, spinner, common, bottlenose), corais, entre outras. A população de dugongos (dugong em Inglês), localizada no Parque Nacional do Arquipélago do Bazaruto, constitui a única população viável de toda a África Oriental. O WWF trabalha em Niassa, mais concretamente no Lago Niassa, no Delta do Zambeze, em Parques (Parque Nacional do Arquipélago do Bazaruto e Parque Nacional das Quirimbas) e no Banco de Sofala (lidando com a pesca de camarão). De entre as várias actividades, incluem-se a introdução de TED (turtle excluder devices), marcação de tartarugas (tags), apoio a projectos CBNRM (gestão comunitária de recursos naturais), escolas de formação (Escola de Fiscais de Caça e Florestas) no Parque Nacional da Gorongosa, e o programa nacional de gestão de recifes de coral. O WWF está ainda a apoiar o processo de declaração de uma área protegida nos Arquipélagos das Ilhas Primeiras e Segundas.
As actividades do WWF Moçambique englobam a gestão e supervisão técnica de todos os programas, a coordenação de todas as actividades no país, incluindo a representação do WWF em Moçambique e participação na discussão de políticas dos sectores relacionados com a gestão de recursos naturais. O escritório de Moçambique visa implementar as políticas e programas internacionais da WWF Internacional no contexto e adaptado à realidade moçambicano, sendo de destacar os seguintes projectos e actividades.